Posteriormente o Decreto-Lei nº 8.181 de 19 de novembro de 1945 revogou os Decretos anteriores e em seu artigo 7º especificou que o 5º Distrito Naval, com jurisdição sobre os Estados do Paraná, Santa Catarina e Rio Grande do Sul, seria oportunamente instalado de acordo com as necessidades do país e a juízo do Ministro da Marinha.
Peço Aviso Ministerial nº 1.578 de 8 de agosto de 1946, o Ministro da Marinha mandou instalar o Comando do 5º Distrito Naval, com sede na cidade de São Francisco do Sul em Santa Catarina, posteriormente transferido para a capital do mesmo estado, de acordo com o Decreto-Lei nº 9.586 de 16 de agosto de 1946.
Assumiu como primeiro Comandante do 5º Distrito Naval o Contra-Almirante Ernesto de Araujo, em 25 de agosto de 1946 e exonerado a 31 de outubro do mesmo ano pelo Decreto-Lei nº 2.197 daquela data.
Nomeado Comandante do 5º Distrito Naval pelo Decreto nº 197 de 31 de outubro de 1946, coube ao Capitão-de-Mar-e-Guerra Antão Alvares Barata instalar e inaugurar os serviços do 5º Distrito Naval, cujo Comando passou a funcionar no edifício do IPASE, situado na Praça Pereira de Oliveira na cidade de Florianópolis, Santa Catarina, em 11 de junho de 1947.
A 11 de junho de 1949 foi inaugurado na capital catarinense o Edifício do Comando do 5º Distrito Naval, quando era Comandante do Distrito o então Contra-Almirante Antão Alvares Barata. Ali permaneceu a sede do Comando até 8 de fevereiro de 1983.
A 8 de fevereiro de 1983, sendo Comandante o Vice-Almirante Fernando Mendonça da Costa Freitas, foi transferida para a cidade do Rio Grande, no Estado do Rio Grande do Sul, o Comando do 5º Distrito Naval.
Devido à profusão de dados gerou-se alguma incerteza quanto à data mais adequada à comemoração do aniversário do Distrito. A agenda do Serviço de Relações Públicas da Marinha (SRPM hoje CCSM) do ano de 1985 publicou as datas em que se comemoram os aniversários das diversas OM da Marinha.
Ali menciona-se a data de 19 de novembro como data de aniversário do 5ºDN, bem como do 3º, 4º e 6º DN, e, entre parênteses, é citado o ano de 1945. Quer naturalmente o SRPM referir-se a data do Decreto-Lei nº 8.181 que mandou dividir o território nacional em Distritos Navais. Contudo o artigo 7º daquele Decreto-Lei ressalvou que o 5º DN seria instalado quando julgado conveniente pelo Ministério da Marinha, o que veio a ocorrer em 08 de agosto de 1946 pelo Aviso nº 1578 do Ministério da Marinha.
Pelo Ofício nº 1043, de 10 de dezembro de 1985, o Serviço de Documentação Geral da Marinha (SGDM) sugeriu como sendo a mais precisa, para comemorar o aniversário do 5º DN, a data de 08 de agosto.
O atual Comandante do 5º DN é o Vice-Almirante Victor Cardoso Gomes.